ścianach domów pojawiły się plakaty propagandowe, zachęcające do odwetu na komunistach i ludności żydowskiej. Od następnego dnia do 3 lipca trwał pogrom, wyraźnie stymulowany przez Niemców (rozlepiono w mieście antyżydowskie afisze, niemieckie kroniki filmowe podały informacje o mordach w więzieniach sowieckich, specjalna ekipa Wehrmachtu filmowała także ukraiński pogrom), dla którego głównym pretekstem był fakt odkrycia w więzieniach zwłok zamordowanych przez uciekających bolszewików więźniów, głównie Polaków i Ukraińców.
Mordy NKWD w więzieniach lwowskich, mimo licznych studiów historycznych i dochodzeń śledczych w Polsce i Niemczech8, nadal nie są w pełni znane, szczególnie jeśli chodzi o areszty śledcze NKWD w budynkach sądowych przy ul. Batorego (sąd apelacyjny), ul. Sądowej oraz w budynku komisariatu policji państwowej przy ul. Jachowicza.
Największe było więzienie przy ul. Kazimierzowskiej 24, mieszczące się w zabudowaniach poklasztomych (tzw. Brygidki, Rosjanie podpalili je przed odejściem). W czerwcu 1941 roku przetrzymywano tam 3688 więźniów. Po wybuchu wojny niemiecko-rosyjskiej do „starych” więźniów doszła grupa Ukraińców, podejrzanych o udział w dywersji zbrojnej z 24-25 czerwca (grupy OUN ostrzelały wycofujące się z miasta kolumny wojska). W więzieniu przy ul. Łąckiego 1 i wojskowym przy ul. Zamarstynowskiej 9 przebywało po około tysiąc więźniów, w tzw. Małych Brygidkach przy ul. Jachowicza — 752. Kilkuset więźniów (527 osób) wywieziono specjalnych eszelonem 22 czerwca po południu bądź 23 rano. Większość więźniów, jak szacowali okupanci niemieccy: około 4 tys. (na podstawie ekshumacji z lat 1941— -1942 ich liczbę szacowano na 3100-3500 osób), rozstrzelano między 24 a 28 czerwca. Wśród zamordowanych było ponad 200 Żydów, m.in. wśród trupów odnalezionych na Zamarstynowskiej rozpoznano ciało Leona Wajnsztoka, redaktora „Chwili”; niemniej w artykule w „Vólkischer Beobachter” z 9 lipca Walenti Szuster zaprzeczył, by wśród zamordowanych przez NKWD byli Żydzi (ciała 10 Żydów określonych jako „zamożni kupcy” rozpoznano także wśród ofiar mordu w więzieniu w Złoczowie). W dokumentach NKWD z 2 lipca9 podane są niższe liczby: „ubyło według pierwszej kategorii” (czyli zamordowano) we Lwowie w trzech więzieniach 2464 więźniów (we wszystkich więzieniach na tzw. Zachodniej Białorusi i Zachodniej Ukrainie prawie 10 tys. spośród ponad 36 tys. więźniów).
Kilka tysięcy Żydów wygnanych z mieszkań bądź złapanych na ulicach Niemcy i Ukraińcy zagnali do więzień przy ul. Kazimierzowskiej (Brygidki), Łąckiego, Zamarstynowskiej (koszary), Pełczyńskiej (budynek elektrowni, w którym zainstalowało się gestapo) i Jachowicza. Pracowali tam przy ekshumacji, myciu zwłok oraz pracach porządkowych; większość (kilka, może nawet aż 7 tys.) została następnie zamordowana tam bądź na ulicach. Sprawcami mordu byli w większości
8 Chodzi o śledztwo Okręgowej Komisji Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu w Łodzi z czerwca 1991; dochodzenie w Bonn w sprawie prof. Oberlandera.
9 Patrz: Pohl, 1996, s. 37-38.